80年代正值苏美冷战巅峰，梵蒂冈教皇的保罗二世虽不问政治，但其波兰的出身背景却使他难以中立——他不仅来自苏联社会主义阵营的盟国，他还同情瓦文萨（Lech Walesa）领导的波兰团结工会，苏联对他恨之入骨，克格勃主席安德罗波夫（Юрий Андропов）公开说，保罗二世是苏联的敌人。

根据美国中情局档案披露，克格勃一直计划暗中除掉保罗二世，但因为苏联1979年出兵阿富汗使其国际声名狼藉，不便对保罗二世采取公开行动。 1981年5月13日，保罗二世遇刺，国际情报专家曾断定，主谋来自苏联集团，里根总统后来正式宣布，假如该情报确凿，美国将断绝与苏联及其盟国的外交关系。但法庭调查并发现与苏联有关的证据，这场国际之争才暂时平静。两年之后，杀手阿加招供说，保加利亚国家安全机构是刺杀保罗二世的组织者，还为他提供了武器和经费。此言一出，西方舆论大哗，人们又将目光转向了苏联克格勃，谁都知道，保加利亚国家安全机构唯苏联克格勃是从。

根据阿加的交代，保加利亚驻罗马航空公司职员安东诺夫（Сергей Антонов）等人被捕，法庭经过一年调查无果，被捕者最终宣布无罪，当庭释放，说明保加利亚与保罗二世遇刺并无关系。2002年，保罗二世访问保加利亚，公开表达了对保加利亚国家与人民的情感，很有在国际舞台上为保加利亚正名之意。时光荏苒，世界天翻地覆，保加利亚在刺杀保罗二世的案件中，将自己择得干干净净，莫斯科至今也说不清克格勃与此案的瓜葛。

最近十余年，国际上还出现了各种保罗二世遇刺案的假说与传闻，如黑手党、共济会和西方间谍机构涉嫌参与保罗二世刺杀案的说法，令人眼花缭乱。苏联解体后，前克格勃军官伊万诺夫接受国际传媒采访时说，克格勃和中情局都曾插手此案，事件故而扑朔迷离，真相难辨。伊万诺夫还披露说，克格勃档案披露，1981年5月13日，保罗二世乘车前来圣保罗广场与朝圣者见面时，他身边的保镖，除了公开的，还有教会秘密指派若干安保人员，他们当天均都脱掉法衣换上了便装。档案记载，就在保罗二世为朝圣者祝福的时候，人群中有两个人朝保罗二世身边挤去，这个两个均为土耳其“灰狼”恐怖组织成员，一位叫阿加，另一位是谢利克。他俩的分工是，阿加朝保罗二世开枪，谢利克向他投手榴弹。阿加在距保罗二世5米之处开了枪，但谢利克因恐惧被朝圣者当场擒获或打死，没敢动手。

再说，苏联确实历来对梵蒂冈怀有恐惧，这可从四五十年代流传的一个段子反映出来：斯大林忧心忡忡地问外交部长莫洛托夫：“罗马教皇的兵力有几个师？”

莫洛托夫对斯大林说：“一个师也没有，可他坐拥天主教10亿教徒，全球拥有166个驻外机构，2000多个修士使团堪比苏联对外侦察机构，教皇的影响力深达欧洲诸国的基督教民主党，那里天主教教徒多达两亿八千万人。”

有关档案透露说，自梵蒂冈出现了波兰裔教皇后，苏联的担心与日俱增，他们将保罗二世视为颠覆与瓦解社会主义阵营的头号敌人。苏共主管意识形态的政治局常委苏斯洛夫（Михаил Суслов）1982年去世，他临死前留下遗言说：“对于进步世界来说，最大的危险莫过于梵蒂冈的十亿天主教徒妄图颠覆社会主义制度。”那时，克格勃波兰工作站站长巴甫洛夫（Виталий Павлов）中将向克里姆林宫报告，保罗二世如何对莫斯科充满敌意，利用传教和布道在教徒面前谴责苏联，他的反苏言论得到了大多数波兰人的支持。

苏联解体后，波兰国家安全局高级侦察员达斯季奇披露，克格勃曾经策划过20多次刺杀保罗二世的行动。1980年，克格勃译电员舍依莫夫（Виктор Шеймов）叛逃美国，他对中情局交代说，他在克格勃华沙工作站工作的时候，他曾经参与克格勃主席安德罗波夫给波兰工作站站长巴甫洛夫密信的解码工作，信中命令巴甫洛夫搜集保罗二世的个人信息，还命令克格勃侦察员想方设法（亦可通过中间人）接近保罗二世。美国解秘档案显示，安德罗波夫这份密电不仅发给了华沙工作站，还发给了罗马、柏林、布达佩斯、布拉格、布加勒斯特、贝尔格莱德和索菲亚等工作站。美国研究学者认为，克格勃下令直接或者间接地接近保罗二世，目的就是为了行刺。前克格勃官员和美国研究学者一致认为，提议和策划刺杀保罗二世的，就是苏共高层领导人苏斯洛夫。

故事到此并未结束，2005年，杀手阿加突然在狱中供认，策划刺杀保罗二世的是梵蒂冈教廷的意大利红衣主教及圣座秘书卡萨罗利（Agostino Casaroli），阿加说，雇主支付他5万美元酬金，并提出要求，开枪时不可将保罗二世绝毙命，只求将其击伤即可。分析人士说，这是卡萨罗利代表教廷设计的一道苦肉计，目的是掩盖罗马教廷的黑色账目丑闻，他们想靠枪击转移视线，同时保持和提升教皇威望。卡萨罗利当然也考虑过风险，假如阿加失手杀死保罗二世，教廷便通过法庭将其定性为异端仇杀，将罪责归咎于阿里。

但是，2006年3月2日，意大利媒体公布了国会保罗二世刺杀案调查委员会的报告摘录，调查委员会主席、国会议员古赞基（Paolo Guzzanti）也对媒体发表谈话，称意大利国会认为，前苏联克格勃第一总局档案处处长米特罗欣（他已于1992年叛逃英国）提供的情报最为准确：1981年5月13日刺杀保罗二世是苏共高层策划。